La 27 ianuarie 1941, generalul Ion Antonescu a format un guvern alcătuit în cea mai mare parte din militari.

Deşi organizaţiile politice neautorizate de stat au fost interzise prin decretul-lege din 5 februarie 1941 (a şasea interdicţie suferită de PNŢ), activitatea PNŢ, PNL şi a altor partide a fost tolerată, ce e drept nu fără unele măsuri coercitive (procese, internări în lagăre etc.).

După intrarea unităţilor militare germane în România, Maniu a considerat ţara sub ocupaţie străină, calificând guvernul ca ilegitim şi nereprezentativ. În condiţiile inexistenţei unei vieţi democratice, activitatea politică a fost dirijată spre combaterea „Dictatului de la Viena” şi a consecinţelor sale. Lupta încheiată cu mai bine de două decenii în urmă, prin naşterea României Mari, trebuia reluată. S-au editat numeroase manifeste şi broşuri clandestine de protest, iar PNŢ, depăşind constrângerile cenzurii, şi-a făcut cunoscută opinia în publicaţii editate de fruntaşi ai partidului.

La 22 iunie 1941, a început războiul de reîntregire a României, prin reintegrarea Basarabiei şi a nordului Bucovinei în frontierele fireşti ale ţării, acţiune aprobată de PNŢ. Omul politic Ion Mihalache şi-a oferit participarea voluntară până la Nistru.

În august 1941, după ce trupele au atins linia Nistrului, Iuliu Maniu s-a opus continuării războiului. Maniu şi Brătianu au protestat, în nenumărate rânduri, contra orientării politice externe, contra regimului dictatorial, contra plebiscitelor, contra trecerii sub control german a exploatărilor petroliere, a industriei, comerţului şi finanţelor ţării.

După autodizolvarea Internaţionalei Comuniste (15 mai 1943), Iuliu Maniu a acceptat să discute cu Partidul Comunist din România (PCdR), cu condiţia ca acesta să se dezică de tezele antiromâneşti ale congreselor anterioare şi să recunoască frontierele României din 1939.

Credincios alianţelor tradiţionale ale ţării, Iuliu Maniu a întreţinut în permanenţă legătura cu aliaţii, în vederea retragerii României din război. Fiind conştient de incapacitatea forţelor germane de a câştiga războiul, Maniu a acţionat prin diplomaţi americani, apoi prin diplomaţi ai altor ţări occidentale acreditaţi în România şi prin diplomaţi români (Grigore Gafencu, Citta Davila, Cornel Bianu, Alexandru Cretzianu etc.), în vederea ieşirii României din război. A făcut demersuri la Eduard Beneş, preşedintele în exil al Cehoslovaciei, cerându-i medierea pe lângă guvernul URSS, în interesul României.

Legătura cu guvernele aliate din Occident a fost asigurată, încă din 1943, prin intermediul a două grupuri de radio-transmisionişti. Ulterior, a fost trimis la Cairo Barbu Ştirbey (19 martie 1944), dublat de Constantin Vişoianu (de la 25 mai 1944). În acelaşi timp, s-a tratat la Stockholm cu ambasadoarea sovietică Alexandra Kollontay, prin consilierul de legaţie G. Duca.

Toate acestea au contribuit la înţelegerea de către aliaţi a situaţiei României, dar nu s-a putut depăşi nici hotărârea luată la Casablanca (14-24 ianuarie 1943), reconfirmată la Teheran (28 noiembrie-1 decembrie 1943), de a se impune adversarilor „capitularea necondiţionată”, nici hotărârea miniştrilor de externe, adoptată la Moscova (octombrie 1943), ca orice tratative de pace să fie duse cu asentimentul şi cunoştinţa tuturor celor trei aliaţi care, în funcţie de interese, au lăsat ţara noastră la discreţia URSS.

La 12 aprilie 1944, guvernul sovietic a cerut oficial României capitularea necondiţionată, pe care mareşalul Antonescu a respins-o.

În această situaţie complicată şi, totodată, dramatică, Partidul Naţional Ţărănesc s-a ridicat deasupra întemeiatelor sale rezerve pe care le avea în privinţa Partidului Comunist din România şi a consimţit să constituie (sub patronajul Palatului) o alianţă politică în care, alături de cele trei partide democratice, PNŢ, PNL şi PSD, să intre şi PCdR.

La începutul lunii mai 1944, a avut loc prima luare de contact şi constituirea unui birou în componenţa căruia au intrat Ghiţă Popp şi Ioan Hudiţă (PNŢ), Constantin (Bebe) Brătianu şi C. Zamfirescu (PNL), Ştefan Voitec şi Iosif Jumanca (PSD), Petre Constantinescu-Iaşi şi Vasile Bâgu (PCdR).

La 25 mai 1944, condiţiile de armistiţiu, amendate de partea română, au fost prezentate aliaţilor, la Cairo, de către Constantin Vişoianu. La 1 iunie, cei trei aliaţi au întrerupt discuţiile, nefiind dispuşi să negocieze pe baza contrapropunerilor româneşti.

La 20 iunie 1944, Iuliu Maniu, Constantin (Dinu) I. C. Brătianu, Constantin Titel Petrescu şi Lucreţiu Pătrăşcanu au convenit asupra platformei „Blocului Naţional Democrat” care îşi însuşea ideea semnării armistiţiului în condiţiile date, dar şi intenţia de a obţine ulterior clauze cât mai favorabile. În ipoteza răsturnării prin forţă a regimului antonescian, Corneliu Coposu, Aurel Leucuţia şi Cezar Spineanu au fost însărcinaţi să preia, să depoziteze şi să distribuie armament din depozitele armatei.

La 23 august 1944, ora 16, a avut loc audienţa mareşalului Antonescu la Regele Mihai I, în prezenţa generalilor Constantin Sănătescu, Aurel Aldea şi a lui Mocsonyi-Stârcea, care s-a încheiat cu demiterea guvernului de către rege şi arestarea lui Ion Antonescu, Mihai Antonescu şi Constantin (Piki) Vasiliu.